Повесть начинается описанием Москвы: "мрачных готических башен Си...нова монастыря", рыбачьих лодок и "грузных стругов, которые плывут от плодоноснейших стран Российской империи и наделяют алчную Москву хлебом". По другую сторону реки пасутся стада, а далее — "блистает златоглавый Данилов монастырь; еще далее, почти на краю горизонта, синеются Воробьевы горы", а "вдали село Коломенское с высоким дворцом своим".
Автор повествует о том, что часто приходит в "опустевший монастырь" и "внимает глухому стону времен, бездною минувшего поглощенных". Но чаще всего автора привлекает к стенам Си..нова монастыря "воспоминание о плачевной судьбе Лизы, бедной Лизы". Автор любит "те предметы, которые трогают его сердце и заставляют проливать слезы нежной скорби".
Лет тридцать назад неподалеку от монастырской стены в хижине жила девушка Лиза со своей старушкой матерью. Отец ее, работящий, трезвый человек, умер (Лизе тогда было 15 лет), и мать с дочерью обеднели. Они были вынуждены отдать свою землю внаем, кроме того, мать Лизы с каждым днем становилась слабее и не могла работать. Лишь одна Лиза неутомимо работала, чтобы прокормить мать, но иногда и она не могла сдержать слез.
Прошло два года со смерти отца Лизы, и однажды Лиза приходит в Москву с ландышами. На улице ей встречается "молодой, хорошо одетый человек, приятного вида". Услышав, что девушка продает ландыши всего за пять копеек, молодой человек говорит, что это очень дешево, и дает ей рубль, Лиза краснеет и отказывается. Молодой человек дает ей тогда пять копеек, но добавляет, что хотел бы всегда покупать у нее цветы. Напоследок он узнает, где живет Лиза.
Придя домой, Лиза обо всем рассказывает матери, и на ее предположение, что это, возможно, был какой - то дурной человек, возражает. Мать добавляет, что все же "лучше кормиться трудами своими и ничего не брать даром" и что она всегда ставит свечу перед образом, когда Лиза уходит в город, так как у нее "сердце не на месте", "у Лизы навернулись на глаза слезы; она поцеловала мать свою".
На другой день Лиза, набрав ландышей, идет в Москву и целый день ждет молодого человека, никому дольше не придавая цветов. Он не появляется, ближе к вечеру Лиза выбрасывает цветы в реку.
Однако на следующий день молодой человек объявляется под окнами их дома. Он просит пить, и Лиза дает ему молока. Он производит хорошее впечатление на старушку - мать, которая рассказывает ему о "своем горе и утешении — о смерти мужа и о милых свойствах дочери своей". Лиза и молодой человек смотрят друг на друга, затем молодой человек договаривается, чтобы старушка никому, кроме него, не продавала рукоделия Лизы (полотно и вязаные чулки). Перед уходом молодой человек сообщает, что его зовут Эраст. После его ухода старушка вздыхает, что было бы хорошо, если бы и жених Лизы был такой же.
"Эраст был довольно богатый дворянин, с изрядным разумом и добрым сердцем, добрым от природы, но слабым и ветреным. Он вел рассеянную жизнь, думал только о своем удовольствии, искал его в светских забавах, но часто не находил: скучал и жаловался на судьбу свою". Лиза с первого взгляда понравилась ему, "ему казалось, что он нашел в Лизе то, чего сердце его давно искало".
Лиза между тем плохо спит ночью, утром идет на берег Москвы - реки и задумчиво смотрит на воду. Лиза наблюдает за пастухами, затем видит на реке лодку, а в пей Эраста. Он выходит на берег, подходит к ней и говорит, что любит. Лиза отвечает, что и она любит его, они клянутся любить друг друга всегда. Через два часа Лиза вспоминает, что надо идти к матери, говорит, что та обрадуется, узнав, что Эраст любит её, но молодой человек говорит, что матери не нужно ничего рассказывать.
Лиза возвращается домой счастливая, мать видит это и благодарит бога за любовь к человеку.
Лиза каждый вечер встречается "под сенью дубов" с Эрастом, они обнимаются, но "чисты и непорочны были их объятия".
"Все блестящие забавы большого света" представлялись Эрасту "ничтожными в сравнении с теми удовольствиями, которыми страстная дружба невинной души питала сердце его". С отвращением помышлял он о презрительном сладострастии, которым прежде упивались его чувства. "Я буду жить с Лизою, как брат с сестрою, — думал он, — не употреблю во зло любви ее и буду всегда счастлив!"
Эраст часто навещает мать Лизы, разговаривает с ней.
Через несколько недель Лиза приходит к Эрасту на свидание грустная и сообщает, что за нее сватается жених, сын богатого крестьянина из соседней деревни, и что матушка хочет, чтобы она за него вышла. Эраст возражает, Лиза отвечает, что Эрасту не суждено быть ее мужем, так как она крестьянка. Эраст говорит, что это не важно, поскольку "для твоего друга важнее всего душа, чувствительная и невинная душа". Лиза бросается в его объятия — "и в сей час надлежало погибнуть непорочности!" Начинается гроза, Лиза говорит, что ей страшно, что она боится, чтобы гром не убил ее как преступницу.
Свидания Лизы и Эраста продолжаются, но теперь Эраст "не мог уже доволен быть одними невинными ласками". "Он желал больше, больше и наконец, ничего желать не мог", так как "исполнение желаний есть самое опасное искушение любви. Лиза уже не была для Эраста сим ангелом непорочности, который прежде воспалял его воображение и восхищал душу. Платоническая любовь уступила место таким чувствам, которыми он не мог гордиться и которые были для пего уже не новы. Что принадлежит до Лизы, то она, совершенно ему отдавшись, им только жила и дышала, во всем, как агнец, повиновалась его воле и в удовольствии его полагала свое счастие".
Через некоторое время Эраст сообщает Лизе, что его полк отправляется в военный поход, а остаться для него было бы "величайшим бесчестием". Лиза падает в обморок, потом говорит, что умрет, если Эраста убьют. Эраст прощается с Лизиной матерью, все плачут, Эраст дает матери Лизы денег. Лиза не умеет ни читать, ни писать, поэтому не может писать письма Эрасту.
Проходит около двух месяцев. Лиза идет в Москву, чтобы купить розовой воды, на улице видит карету, в которой сидит Эраст. Лиза бросается к карете, но та проезжает мимо и поворачивает во двор огромного дома. Лиза подбегает, заключает возлюбленного в объятия, но Эраст говорит, что он должен жениться, так как обстоятельства переменились, просит ее оставить его в покое. Говорит, что по - прежнему любит ее, дает сто рублей и просит слугу проводить девушку со двора. Оказалось, что Эраст, отправившись в поход, играл в карты и проиграл почти все свое имение, так что у него остался один выход поправить дела — жениться на пожилой богатой вдове, которая давно была в него влюблена.
Лиза выходит из города и оказывается на берегу глубокого пруда, под сенью тех дубов, которые всего "за несколько недель до того были свидетелями ее восторгов". Мимо проходит дочь ее соседа. Лиза дает ей сто рублей и просит передать матери со словами, что она любила человека, а он изменил ей. После этого бросается в воду.
Дочь соседа зовет на помощь, Лизу вытаскивают, по слишком поздно.
Лизу погребли возле пруда, и теперь автор часто сидит возле ее могилы.