Семинаристы из Киева – бурсаки – радуются вакансиям, долгожданной возможности разойтись по домам. Небольшими группами они покидают учебное заведение, по пути пытаясь заработать духовными песнопениями, посещая богатые хутора.
Читатели знакомятся с героями. Это бурсак-философ Хома Брут и двое его товарищей ритор Тиберий Горобец и богослов Халява. Философ Хома Брут был нрава веселого. В темноте герои теряют дорогу и попадают на хутор.
Старая хозяйка одного из домов впускает молодых людей, но устраивает их на ночлег поодиночке: Тиберия в доме, Халяву в кладовой, а Хому в пустом овечьем хлеву. Когда философ Брут уже засыпает, старуха врывается в хлев и запрыгивает к нему на плечи, бешено сверкая глазами. Внезапно они взлетают над землей. Хома догадывается, что хозяйка дома ведьма. Он читает молитвы и чувствует, что хватка ведьма становится слабее. Улучив момент, философ выпрыгивает из-под старухи, вскакивает ей на спину и, схватив полено, начинает избивать. Та издает ужасный вопль и падает. Брут видит перед собой умирающую молодую красавицу. Семинарист в ужасе убегает обратно в Киев.
Тем временем становится известно, что дочь одного богача сотника пришла домой избитая. Умирая, она изъявила желание, чтобы в течение трех ночей надо ее телом читал молитвы семинарист из киева по имени Хома Брут. За бурсаком присылают экипаж и шестерых казаков, которые должны его сопровождать. Философу приходится подчиниться воле богача и его дочери, однако он надеется сбежать при первом же удобном случае. Бурсак не может ответить сотнику, где познакомился с его дочерью. Однако, увидев тело панночки в гробу, он узнает в ней ту ведьму, которую избил поленом. Вечером казаки рассказывают Хоме о странных проделках панночки, а затем запирают его в церкви вместе с покойницей. Семинарист начинает читать молитвы, и ведьма поднимается из гроба. Хома Брут очерчивает вокруг себя круг, и мертвая панночка не может до него дотянуться. Она ложится в гроб и начинает летать в нем по церкви, но философ защищен молитвами и кругом. Светает. Слышится крик петуха, гроб падает на пол и крышка его захлопывается. Днем Хома спит, отдыхает и пьет горилку, однако ночью ему снова приходится вернуться в церковь. Он опять рисует круг и молится, но на этот раз ужасная ведьма с позеленевшими глазами подходит еще ближе и смотрит прямо на него. В церковные двери ломится страшная нечисть, от которой бурсака спасает новый расцвет и петушиный крик.
Утром Хому находит едва живым и поседевшим. Философ умоляет отца панночки отпустить его, но тот отказывается и угрожает страшным наказанием. Брут пытается сбежать, но его догоняют и возвращают в церковь.
Третья ночь оказывается ужаснее предыдущих. Ведьма становится сильнее, страшнее. Она призывает крылатых и зубастых чудовищ. Хома читает молитвы из последних сил. Раздается крик ведьмы, которая требует привести вия. В церкви появляется косолапое низкорослое существо с железным лицом. Это предводитель нечистой силы – вий. Он приказывает поднять ему свисающий до земли веки. Внутренний голос подсказывает Хоме не смотреть на чудовище, но он не может удержаться и бросает взгляд на вия. Тогда тот указывает на Брута всей нечистой силе. Очерченный круг больше не защищает Хому. Теперь чудовища знают, где он находится, бросаются на семинариста и он погибает.
Раздаётся первый крик петуха, но злые духи не слышат его, со вторым криком вся нечисть бросается прочь из церкви, но не успевает улизнуть. Чудовища застревают в церковных окнах, дверях и так и остаются там. Со временем они обрастают бурьяном, больше никто не может найти дорогу к этой церкви.
Узнав о случившемся с Хомой, его друзья Халява и Тиберий поминают его душу. Они приходят к выводу, что философа погубил страх.